Pas gati dy dekadash të veprimtarisë me sukses që nga themelimi si qendër kryesore e arsimit të lartë në Kosovë, si sot para 34 viteve, Universiteti i Prishtinës u përball me përpjekje të organizuara për ta zhdukur në fund të viteve ’80 dhe fillim të viteve ’90, në kohën kur në pushtet në Serbi erdhi Sllobodan Millosheviqi.
Në vitet 1989–1991, shkolla shqipe – sidomos Universiteti i Prishtinës – pësoi tronditje të thella nën regjimin nacionalist serb, që synonte mbylljen dhe shuarjen e sistemit arsimor në gjuhën shqipe.
Masat e dhunshme të vendosura më 28 qershor 1991 nga Kuvendi i Serbisë shënuan fundin e një epoke akademike për studentët dhe profesorët shqiptarë.
Gjatë vitit të ri akademik 1991/92, administrata e re e kontrolluar nga kuadrot serbo-malaziase solli një valë të re studentësh serbë – plot 923 – nga viset e ndryshme të Serbisë dhe Malit të Zi, duke e zhvendosur strukturën origjinale të universitetit dhe duke përjashtuar shqiptarët. Kjo ushte faza e parë strategjike e regjimit serb për të shuar arsimin e lartë për studentët shqiptarë.
Fal diplomacisë shqiptare të asaj kohe, bota po informohej vazhdimisht për zhvillimet diskriminuese dhe për shkeljet e të drejtave të njeriut në Kosovë. Grupi i Helsinkit në Vjenë si reagim në veprimet e regjimit serb, në atë kohë, më 21 gusht 1991 denoncoi situatën e krijuar, duke deklaruar se “arsimi shqiptar në Kosovë më nuk ekziston”.
Megjithatë, shpresa nuk u shua, më 14 shkurt 1992, Universiteti i Prishtinës bëri thirrje për rifillimin e mësimit në shkollat shtëpi duke filluar që nga data 17 shkurt, duke shënuar një kapitull të ri të qëndresës intelektuale.
Përkundër dhunës institucionale dhe shtypjes sistematike, Universiteti i Prishtinës megjithëatë mbeti simbol i rezistencës kulturore dhe kombëtare, duke u shndërruar në shembull të qëndresës paqësore për të drejtën në arsim dhe identitet.
